«Чемал» переводится с алтайского языка как «муравьиное место». Но дело вовсе не в насекомых. Такое название, скорее всего, возникло из-за вида многочисленных коз на скалах, которые издалека, из долины выглядели как маленькие муравьи. Кстати, «козья тропка» существует и поныне, она очень популярна у туристов.

Считается, что заложили село несколько крестьянских семей из Бийского уезда. Они договорились с местными кочевниками и осели здесь ещё в 19 столетии. Уже к концу века чемальская долина стала очень популярна как благодатный курортный уголок. Сюда для оздоровления приезжали отдыхающие из Томска.

В советское время жена известного партийного деятеля Екатерина Калинина в Чемале поправляла здоровье несколько лет и, при ней село значительно преобразилось, благоустроилось.