С 1834 года алтайская земля стала относиться к Томской епархии. Только в 1930 году была образована самостоятельная Барнаульская епархия во главе с епископом Александром, которая с 1937 года именовалась Барнаульской и Бийской.
В 1938 году, в годы гонений на церковь, епархия была упразднена, а её территория до 1994 года входила в состав Новосибирской епархии. В конце 80-х годов прошлого столетия по всему Алтаю начали строить и восстанавливать храмы, создавать приходы, возрождать для всеобщего почитания великие святыни.
1997 год в истории Барнаула был ознаменован возобновлением работы Барнаульского духовного училища. По благословению Священного Синода в 2006 году училищу был присвоен статус семинарии – высшего духовного учебного заведения Русской Православной Церкви.